I. MAMALIA (Menyusui)
- Anoa depressicornis Anoa dataran rendah, Kerbau pendek
- Anoa quarlesi Anoa pegunungan
- Arctictis binturong Binturung
- Arctonyx collaris Pulusan
- Babyrousa babyrussa Babirusa
- Balaenoptera musculus Paus biru
- Balaenoptera physalus Paus bersirip
- Bos sondaicus Banteng
- Capricornis sumatrensis Kambing Sumatera
- Cervus kuhli; Axis kuhli Rusa Bawean
- Cervus spp. Menjangan, Rusa sambar (semua jenis dari genus Cervus)
- Cetacea Paus (semua jenis dari famili Cetacea)
- Cuon alpinus Ajag
- Cynocephalus variegatus Kubung, Tando, Walangkekes
- Cynogale bennetti Musang air
- Cynopithecus niger Monyet hitam Sulawesi
- Dendrolagus spp. Kanguru pohon (semua jenis dari genus Dendrolagus)
- Dicerorhinus sumatrensis Badak Sumatera
- Dolphinidae Lumba-lumba air laut (semua jenis dari famili Dolphinidae)
- Dugong dugon Duyung
- Elephas indicus Gajah
- Felis badia Kucing merah
- Felis bengalensis Kucing hutan, Meong congkok
- Felis marmorota Kuwuk
- Felis planiceps Kucing dampak
- Felis temmincki Kucing emas
- Felis viverrinus Kucing bakau
- Helarctos malayanus Beruang madu
- Hylobatidae Owa, Kera tak berbuntut (semua jenis dari famili Hylobatidae)
- Hystrix brachyura Landak
- Iomys horsfieldi Bajing terbang ekor merah
- Lariscus hosei Bajing tanah bergaris
- Lariscus insignis Bajing tanah, Tupai tanah
- Lutra lutra Lutra
- Lutra sumatrana Lutra Sumatera
- Macaca brunnescens Monyet Sulawesi
- Macaca maura Monyet Sulawesi
- Macaca pagensis Bokoi, Beruk Mentawai
- Macaca tonkeana Monyet jambul
- Macrogalidea musschenbroeki Musang Sulawesi
- Manis javanica Trenggiling, Peusing
- Megaptera novaeangliae Paus bongkok
- Muntiacus muntjak Kidang, Muncak
- Mydaus javanensis Sigung
- Nasalis larvatus Kahau, Bekantan
- Neofelis nebulusa Harimau dahan
- Nesolagus netscheri Kelinci Sumatera
- Nycticebus coucang Malu-malu
- Orcaella brevirostris Lumba-lumba air tawar, Pesut
- Panthera pardus Macan kumbang, Macan tutul
- Panthera tigris sondaica Harimau Jawa
- Panthera tigris sumatrae Harimau Sumatera
- Petaurista elegans Cukbo, Bajing terbang
- Phalanger spp. Kuskus (semua jenis dari genus Phalanger)
- Pongo pygmaeus Orang utan, Mawas
- Presbitys frontata Lutung dahi putih
- Presbitys rubicunda Lutung merah, Kelasi
- Presbitys aygula Surili
- Presbitys potenziani Joja, Lutung Mentawai
- Presbitys thomasi Rungka
- Prionodon linsang Musang congkok
- Prochidna bruijni Landak Irian, Landak semut
- Ratufa bicolor Jelarang
- Rhinoceros sondaicus Badak Jawa
- Simias concolor Simpei Mentawai
- Tapirus indicus Tapir, Cipan, Tenuk
- Tarsius spp. Binatang hantu, Singapuar (semua jenis dari genus Tarsius)
- Thylogale spp. Kanguru tanah (semua jenis dari genus Thylogale)
- Tragulus spp. Kancil, Pelanduk, Napu (semua jenis dari genus Tragulus)
- Ziphiidae Lumba-lumba air laut (semua jenis dari famili Ziphiidae)
II. AVES (Burung)
- Accipitridae Burung alap-alap, Elang (semua jenis dari famili Accipitridae)
- Aethopyga exima Jantingan gunung
- Aethopyga duyvenbodei Burung madu Sangihe
- Alcedinidae Burung udang, Raja udang (semua jenis dari famili Alcedinidae)
- Alcippe pyrrhoptera Brencet wergan
- Anhinga melanogaster Pecuk ular
- Aramidopsis plateni Mandar Sulawesi
- Argusianus argus Kuau
- Bubulcus ibis Kuntul, Bangau putih
- Bucerotidae Julang, Enggang, Rangkong, Kangkareng (semua jenis dari famili Bucerotidae)
- Cacatua galerita Kakatua putih besar jambul kuning
- Cacatua goffini Kakatua gofin
- Cacatua moluccensis Kakatua Seram
- Cacatua sulphurea Kakatua kecil jambul kuning
- Cairina scutulata Itik liar
- Caloenas nicobarica Junai, Burung mas, Minata
- Casuarius bennetti Kasuari kecil
- Casuarius casuarius Kasuari
- 89 Casuarius unappenddiculatus Kasuari gelambir satu, Kasuari leher kuning
- Ciconia episcopus Bangau hitam, Sandanglawe
- Colluricincla megarhyncha Burung sohabe coklat
- Crocias albonotatus Burung matahari
- Ducula whartoni Pergam raja
- Egretta sacra Kuntul karang
- Egretta spp. Kuntul, Bangau putih (semua jenis dari genus Egretta)
- Elanus caerulleus Alap-alap putih, Alap-alap tikus
- Elanus hypoleucus Alap-alap putih, Alap-alap tikus
- Eos histrio Nuri Sangir
- Esacus magnirostris Wili-wili, Uar, Bebek laut
- Eutrichomyias rowleyi Seriwang Sangihe
- Falconidae Burung alap-alap, Elang (semua jenis dari famili Falconidae)
- Fregeta andrewsi Burung gunting, Bintayung
- Garrulax rufifrons Burung kuda
- Goura spp. Burung dara mahkota, Burung titi, Mambruk (semua jenis dari genus Goura)
- Gracula religiosa mertensi Beo Flores
- Gracula religiosa robusta Beo Nias
- Gracula religiosa venerata Beo Sumbawa
- Grus spp. Jenjang (semua jenis dari genus Grus)
- Himantopus himantopus Trulek lidi, Lilimo
- Ibis cinereus Bluwok, Walangkadak
- Ibis leucocephala Bluwok berwarna
- Lorius roratus Bayan
- Leptoptilos javanicus Marabu, Bangau tongtong
- Leucopsar rothschildi Jalak Bali
- Limnodromus semipalmatus Blekek Asia
- Lophozosterops javanica Burung kacamata leher abu-abu
- Lophura bulweri Beleang ekor putih
- Loriculus catamene Serindit Sangihe
- Loriculus exilis Serindit Sulawesi
- Lorius domicellus Nori merah kepala hitam
- Macrocephalon maleo Burung maleo
- Megalaima armillaris Cangcarang
- Megalaima corvina Haruku, Ketuk-ketuk
- Megalaima javensis Tulung tumpuk, Bultok Jawa
- Megapoddidae Maleo, Burung gosong (semua jenis dari famili Megapododae)
- Megapodius reintwardtii Burung gosong
- Meliphagidae Burung sesap, Pengisap madu (semua jenis dari famili Meliphagidae)
- Musciscapa ruecki Burung kipas biru
- Mycteria cinerea Bangau putih susu, Bluwok
- Nectariniidae Burung madu, Jantingan, Klaces (semua jenis dari famili Nectariniidae)
- Numenius spp. Gagajahan (semua jenis dari genus Numenius)
- Nycticorax caledonicus Kowak merah
- Otus migicus beccarii Burung hantu Biak
- Pandionidae Burung alap-alap, Elang (semua jenis dari famili Pandionidae)
- Paradiseidae Burung cendrawasih (semua jenis dari famili Paradiseidae)
- Pavo muticus Burung merak
- Pelecanidae Gangsa laut (semua jenis dari famili Pelecanidae)
- Pittidae Burung paok, Burung cacing (semua jenis dari famili Pittidae)
- Plegadis falcinellus Ibis hitam, Roko-roko
- Polyplectron malacense Merak kerdil
- Probosciger aterrimus Kakatua raja, Kakatua hitam
- Psaltria exilis Glatik kecil, Glatik gunung
- Pseudibis davisoni Ibis hitam punggung putih
- Psittrichas fulgidus Kasturi raja, Betet besar
- Ptilonorhynchidae Burung namdur, Burung dewata
- Rhipidura euryura Burung kipas perut putih, Kipas gunung
- Rhipidura javanica Burung kipas
- Rhipidura phoenicura Burung kipas ekor merah
- Satchyris grammiceps Burung tepus dada putih
- Satchyris melanothorax Burung tepus pipi perak
- Sterna zimmermanni Dara laut berjambul
- Sternidae Burung dara laut (semua jenis dari famili Sternidae)
- Sturnus melanopterus Jalak putih, Kaleng putih
- Sula abbotti Gangsa batu aboti
- Sula dactylatra Gangsa batu muka biru
- Sula leucogaster Gangsa batu
- Sula sula Gangsa batu kaki merah
- Tanygnathus sumatranus Nuri Sulawesi
- Threskiornis aethiopicus Ibis putih, Platuk besi
- Trichoglossus ornatus Kasturi Sulawesi
- Tringa guttifer Trinil tutul
- Trogonidae Kasumba, Suruku, Burung luntur
- Vanellus macropterus Trulek ekor putih
III. REPTILIA (Melata)
- Batagur baska Tuntong
- Caretta caretta Penyu tempayan
- Carettochelys insculpta Kura-kura Irian
- Chelodina novaeguineae Kura Irian leher panjang
- Chelonia mydas Penyu hijau
- Chitra indica Labi-labi besar
- Chlamydosaurus kingii Soa payung
- Chondropython viridis Sanca hijau
- Crocodylus novaeguineae Buaya air tawar Irian
- Crocodylus porosus Buaya muara
- Crocodylus siamensis Buaya siam
- Dermochelys coriacea Penyu belimbing
- Elseya novaeguineae Kura Irian leher pendek
- Eretmochelys imbricata Penyu sisik
- Gonychephalus dilophus Bunglon sisir
- Hydrasaurus amboinensis Soa-soa, Biawak Ambon, Biawak pohon
- Lepidochelys olivacea Penyu ridel
- Natator depressa Penyu pipih
- Orlitia borneensis Kura-kura gading
- Python molurus Sanca bodo
- Phyton timorensis Sanca Timor
- Tiliqua gigas Kadal Panan
- Tomistoma schlegelii Senyulong, Buaya sapit
- Varanus borneensis Biawak Kalimantan
- Varanus gouldi Biawak coklat
- Varanus indicus Biawak Maluku
- Varanus komodoensis Biawak komodo, Ora
- Varanus nebulosus Biawak abu-abu
- Varanus prasinus Biawak hijau
- Varanus timorensis Biawak Timor
- Varanus togianus Biawak Togian
IV. INSECTA (Serangga)
- Cethosia myrina Kupu bidadari
- Ornithoptera chimaera Kupu sayap burung peri
- Ornithoptera goliath Kupu sayap burung goliat
- Ornithoptera paradisea Kupu sayap burung surga
- Ornithoptera priamus Kupu sayap priamus
- Ornithoptera rotschldi Kupu burung rotsil
- Ornithoptera tithonus Kupu burung titon
- Trogonotera brookiana Kupu trogon
- Troides amphrysus Kupu raja
- Troides andromanche Kupu raja
- Troides criton Kupu raja
- Troides haliphron Kupu raja
- Troides helena Kupu raja
- Troides hypolitus Kupu raja
- Troides meoris Kupu raja
- Troides miranda Kupu raja
- Troides plato Kupu raja
- Troides rhadamantus Kupu raja
- Troides riedeli Kupu raja
- Troides vandepolli Kupu raja
V. PISCES (Ikan)
- Homaloptera gymnogaster Selusur Maninjau
- Latimeria chalumnae Ikan raja laut
- Notopterus spp. Belida Jawa, Lopis Jawa (semua jenis dari genus Notopterus)
- Pritis spp. Pari Sentani, Hiu Sentani (semua jenis dari genus Pritis)
- Puntius microps Wader goa
- Scleropages formasus Peyang malaya, Tangkelasa
- Scleropages jardini Arowana Irian, Peyang Irian, Kaloso
VI. ANTHOZOA
- Anthiphates spp. Akar bahar, Koral hitam (semua jenis dari genus Anthiphates)
VII. BIVALVIA
- Birgus latro Ketam kelapa
- Cassis cornuta Kepala kambing
- Charonia tritonis Triton terompet
- Hippopus hippopus Kima tapak kuda, Kima kuku beruang
- Hippopus porcellanus Kima Cina
- Nautilus popillius Nautilus berongga
- Tachipleus gigas Ketam tapak kuda
- Tridacna crocea Kima kunia, Lubang
- Tridacna derasa Kima selatan
- Tridacna gigas Kima raksasa
- Tridacna maxima Kima kecil
- Tridacna squamosa Kima sisik, Kima seruling
- Trochus niloticus Troka, Susur bundar
- Turbo marmoratus Batu laga, Siput hijau
